显微镜是研究微生物学的重要工具之一，根据不同的研究目的和要求，可以分别选用普通光学显微镜、暗视野显微镜、相差显微镜、荧光显微镜和电子显微镜等，在食品微生物检测中，以普通光学显微镜(简称显微镜)为常用。
光学显微镜是利用光学原理，把人眼所不能分辨的微小物体放大成像，以供人们提取微细结构信息的光学仪器。光学显微镜就是利用表面为曲面的光学透镜使物体放大成像这一原理，把微小物体放大到人眼足以观察的尺寸。
光学显微镜通常采用两级放大，分别由物镜和目镜完成。被观察物体位于物镜的前方，被物镜做级放大后成，倒立的实像，然后此实像再被目镜做第二级放大成虚像，人眼看到的就是一虚像，而显微镜的总放大倍率就是物镜放大倍率和目镜放大倍率的乘积。
放大倍率是指直线尺寸的放大比，而不是面积比。显微镜放大倍率的极限即有效放大倍率，显微镜的分辨率是指能被显微镜清晰区分的两个物点的小间距。分辨率和放大倍率是两个不同的但又相互有关联的概念。
当选用的物镜分辨率不够高(数值孔径不够大)时，显微镜不能分清物体的微细结构，此时即使过度地增大放大倍率，得到的也只是一个轮廓大但细节不清晰的图像，称为无效放大倍率。反之如果分辨率已经满足要求而放大倍率不足，则显微镜虽已具备分辨能力，但因图像太小而仍然不能被人眼清晰视见。所以为了充分发挥显微镜的分辨能力，应使数值孔径与显微镜总放大倍率合理匹配.
显微镜的构造：光学部分
1.物镜
该镜头下端接近被检物体，为显微镜上的主要光学装置。由多块透镜组成。一般显微镜具有3个-4个物镜，分成干燥系和油镜两组，干燥系又按放大倍数分为低倍镜和高倍镜。各物镜放大率由其外形辨认，镜头长度越大，镜片口径越小，放大倍数愈大；反之，放大倍数小。油镜头的下缘，一般刻有一圈黑线。此外，各物镜上都刻有放大倍数、孔径数等标志
2.目镜
目镜重要的光学部分之一，和镜检者的眼睛接近。目镜由两块透镜组成，其上刻有倍数。为便于指出物象，常在镜中装黑色细丝一条，作为指针。
3.聚光器
聚光器位于载物台下方的次台上，由数个透镜组成。能上下移动，调节并集聚由光源提供的光线，使集中于载物玻片上。
4.光源
光源提供观察所需光线，装在显微镜的下方。
显微镜的构造：机械部分
1.镜臂
镜臂在镜筒后面，便于显微镜搬移，并作为将镜筒倾斜时的握持部。
2.底座
显微镜的底座用以支持全镜，呈马蹄形。
3.载物台
在物镜下方，呈方形或圆形，用以载放被检物体。中央有孔，可以透光。台上装有一弹簧夹，镜检时可以固定标本片。有的载物台上装有载物台调解旋钮，捻转旋钮，能使标本前后左右移动.
4.光圈
在聚光器下方，可以任意开闭，用以调节射入集光线的多寡。
5.电源和亮度调节旋钮
用于开启光源和调节光源的亮度。
6.粗准焦螺旋和细准焦螺旋
粗准焦螺旋可使载物台较大距离地升降。细准焦螺旋可以地调节距离。
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